選擇基因和報告基因都可以看做是標記基因，都起著標記目的基因是否成功轉化的作用，但是它們又有著各自的特點。
選擇基因（又稱選擇標記基因），主要是一類編碼可使抗生素或除草劑失活的蛋白酶基因，這種基因在執行其選擇功能時，通常存在檢測慢（蛋白酶作用需要時間）、依賴外界篩選壓力（如抗生素、除草劑）等缺陷。而報告基因則是指其編碼產物能夠被快速測定、且不依賴于外界壓力的一類基因。
理想的報告基因通常具備如下基本要求：①、受體細胞中不存在相應內源等位基因的活性；②、它的產物是唯一的，且不會損害受體細胞；③、具有快速、廉價、靈敏、定量和可重復性的檢測特性。常用的報告基因有氯霉素乙酰轉移酶基因（cat）、熒光素酶基因（luc）、β-葡萄糖苷酸酶基因（gus）等。