“條形碼”序列測序（BRBseq）廉價且高效

　　RNA測序是一種通過觀察基因表達來分析整個基因組的技術。如今，這種全基因組表達分析是基因組研究的標準工具，因為它們依賴于高通量技術，而這些技術本身已經變得廣泛可用。

　　盡管如此，RNA測序仍然是昂貴和費時的，因為它首先需要昂貴的準備一個完整的基因組庫——由細胞RNA生成的DNA池——同時數據本身也很難分析。所有這些都使得RNA測序難以運行，使得它被采用的程度沒有它能做到的那么廣泛。

　　在單細胞轉錄組學的革命推動下，一些新的方法提供了幫助，這種方法使用了所謂的“樣本條形碼”或“多路復用”。在這里，每個“條形碼”序列在庫準備過程中被添加到每個DNA片段中，以便在分析最終數據之前對每個片段進行識別和排序，這意味著這種方法只需要一個包含多個不同樣本或細胞的庫。

　　條形碼既降低了成本，又縮短了時間，這可以擴展到大樣本的批量RNA測序。但是，在適應和驗證大量RNA樣本的可靠和廉價分析方案方面仍然存在困難——這就是我們在分析細胞或組織的轉錄組時所面臨的問題。

　　現在，來自EPFL生物工程研究所Bart Deplancke實驗室的科學家們開發了一種新的方法，稱為批量RNA條形碼和測序（BRB-seq）技術，它比傳統的商業RNA測序技術（Illumina的TruSeq）便宜25倍。

　　BRB-seq的諸多優點之一是快速且保持了鏈的特異性，特異性是該領域的一個挑戰，必須在正確的方向上反轉錄出DNA。因此，BRB-seq提供了一種在數百個RNA樣本上執行轉錄組學的低成本方法，這可以在一次運行中增加生物復制的數量（因此增加實驗的準確性）。

　　在性能方面，科學家發現BRB-seq可以在相同的測序深度檢測到與該領域“金標準（TruSeq Strand mRNA）”相同數量的基因，并且該技術即使在低質量的RNA樣本中也能產生可靠的數據。此外，它產生全基因組轉錄組數據的成本相當于使用RT-qPCR分析四個基因，而RT-qPCR目前是測量基因表達的標準但通量低的方法。

　　在一項測試中，BRB-seq每天可以生成多達192個樣本的現成基因組庫，只需要兩個小時的實際操作時間。該技術與用戶友好的管道相結合，用于預處理和分析序列數據，允許在一天內獲取結果。

　　“自發布以來，已有數十家實驗室和公司與我們聯系，希望幫助他們實施BRB-seq方法，”Bart Deplancke說。“由于BRB-seq的低成本，這些研究人員意識到他們現在可以用相同的預算分析更多的樣品，從而大大增加了他們實驗的樣本數量和重復數量。因此，我們預計BRB-seq或類似的方法將長期成為任何分子生物學實驗室的標準，并取代RT-qPCR作為基因表達譜分析方法的第一個選擇。”