固定于濾膜上的RNA的預雜交、雜膠及淋洗等條件，與DNA雜交的相應條件基本相同。現簡述如下1）用下列兩種溶液之一進行預雜交，時間1－2小時。若于42℃進行，應采用。
50％甲酰胺
5xSSPE
2xDenhardt試劑
0.1％SDS
若于68℃進行，應采用：
6xSSC
2xDenhardt試劑
0.1％SDS
2）在預雜交液中加入變性的放射性標記探針，如欲檢測低豐度mRNA， 所用探針的量至少為0.1μg，其放射性比活度應大于2x108計數/（分．μg）在適宜的溫度條件下繼續溫育16-24小時。切記RNA只與雙鏈DNA中一條單鏈互補，因此如用單鏈探針， 則必須是能與RNA互補的一條單鏈。
3）用1xSSC、0.1％SDS于室溫洗漠20分鐘， 隨后用0.2xSSX、 0.1％SDS于68℃洗膜3次每次20分鐘。
4）用X光片（Kodak XAR－2或與之相當的產品）進行放射自顯影， 附加增感屏于－17℃曝光24-48小時。