妊娠不同時期柯薩奇病毒隱性感染對胎兒畸形、新生兒心腦疾患、母-嬰垂直傳播及剖宮產率無明顯差異，這可能和應用干擾素及抗病毒藥物有關。同時也提示孕婦產前定期柯薩奇病毒的篩查，對控制此病毒的發展及傳播有重要意義 [7] 。
患者應予隔離2周，管理傳染源的重點應放在托幼機構和產房；懷孕婦女患有腸道病毒性疾病者，對新生兒有很大威脅，應注意隔離。加強飲食管理和個人衛生，不吃臟水污染過或蒼蠅爬過的食物，避免在污水中游泳。自來水宜煮沸后飲用。因患者口咽部可能排出病毒，接觸這些患者時應戴口罩，流行期間減少集體活動。患者糞便需加20%生石灰和含氯石灰混懸液等量，混合后作用2h，才可排入下水道。接觸患者的嬰幼兒可肌內注射丙種球蛋白3~6ml，以預防感染，對年長兒及青年人不必采用。口服脊髓灰質炎疫苗OPV也可試用，利用其在腸道內的干擾作用，有可能控制腦膜炎的流行，應用柯薩奇B組病毒制成的疫苗于高危人群，有可能預防嬰兒心肌炎的流行。