Weber 將微衛星分為3 類:單純(pure) SSR、復合(compound) SSR,和間隔(interrupted) SSR。
所謂單純SSR 是指由單一的重復單元所組成的序列,如(AT) n;
復合SSR 則是由2 個或多個重復單元組成的序列,如(GT)n(AT)m;
間隔SSR 在重復序列中有其它核苷酸夾雜其中,如(GT)nGG(GT)m。