1、細菌性痢疾 典型菌痢有高熱、腹痛腹瀉、瀉膿血便。腹痛在下腹或左下腹、左下腹明顯壓痛、且有腸索、伴明顯里急后重。糞檢有較多膿細胞、吞噬細胞。重者常脫水。這都有利于和本病區別。
2、其它細菌所致腹瀉、如鼠傷寒、致病性大腸桿菌、耶氏菌、親水氣單胞菌、其他厭氧菌等、單從臨床有時很難鑒別。懷疑時應依靠病原學和血清學來確診。
3、腸道外感染者須與沙門菌病及布氏菌病鑒別。