常用的酶有：
1.辣根過氧化物酶（HRP）： 目前酶聯免疫吸附試驗中應用最廣泛的標記用酶。由無色的糖蛋白(主酶)和亞鐵血紅蛋白(輔基)結合而成的復合物。輔基是酶活性基團，而主酶則與酶活性無關，HRP的純度用RZ(HRP分別在403nm和275nm處的吸光度比值)表示，RZ值應大于3.0 。
RZ值僅說明血紅素基團在HRP中的含量 ，并非表示HRP制劑的真正純度，而且RZ值高的HRP并不意味著酶活性也高，RZ值與酶活性無關 。
酶活性以單位U表示： 即1分鐘將1μmol底物轉化為產物所需的酶量。酶變性后，RZ值不變但活性降低 ，因此使用酶制劑時，酶活性單位比RZ值更為重要。
2.堿性磷酸酶（AP）：大腸桿菌來源 的AP分子量80kD，酶作用最適pH為8.0 ；小牛腸黏膜AP分子量為100kD，最適pH為9.6 ；后一種AP的活性高于前者。
3.β-半乳糖苷酶（β-Gal） ：β-Gal來源于大腸桿菌。因人血中缺乏此酶，以其制備的酶標志物在測定時不易受到內源性酶的干擾，從而提高特異性，被用于均相酶免疫測定 。