布魯克美國HUPO會議最新發布|4D蛋白質組全新解決方案加速免疫肽組學和糖蛋白組學研究

　　· Novor V2.0軟件采用了一種針對HLA肽段優化的先進機器學習算法，能從從頭測序的多肽中發掘免疫肽段信息，并進一步提升鑒定水平

　　· TwinScape^TM結合iRTTM標準多肽的數字化監測技術智能反饋功能確保 timsTOF最高性能 – 遠遠超出“正常運行時間”

　　· 新型glyco-PASEF^?方法用于超高靈敏度4D糖肽分析

　　· Spectronaut^? 18軟件現在已向Bruker ProteoScape^TM用戶全面開放

　　· Biognosys推出高通量ENRICHMENT血漿蛋白質組學，可以實現約 55,000條肽段對應4500種蛋白質大規模定量分析（1% FDR）

　　· PreOmics^?蛋白質組學樣本前處理工具現具有超過50個 BeatBox?放置位置，可實現更高效快速的細胞裂解和 FFPE/FF 組織均質化

　　 2024年3月11日，在俄勒岡州波特蘭舉辦的第20屆美國人類蛋白質組學會議（以下簡稱“美國 HUPO”）上，布魯克（納斯達克股票代碼：BRKR）發布了其在免疫肽組學、糖蛋白質組學和其他4D-蛋白質組學工作流程方面的最新進展。布魯克在高深度、大規模蛋白質組學、糖組學和多肽組學研究解決方案中的最新進展，與其他領先的生命科學工具相輔相成，為后基因組時代提供了支持。這些工具不僅促進了分子和細胞生物學的研究，還為理解疾病生物學提供了重要視角，并為下一代分子診斷和藥物發現中的生物標志物研究奠定了基礎。

　　 美國 HUPO會議更新技術進展包括：升級的機器學習從頭測序軟件 (Novor V2.0)、一款新型高性能數字監測軟件 (TwinScape)、用于高靈敏度糖肽分析的glyco-PASEF新方法、以及為Bruker ProteoScape用戶提供Spectronaut 18訪問權限。ProteoScape是一款基于GPU的用于實時4D-蛋白質組學數據分析軟件，目前支持通過Biognosys進行directDIA?分析。

A. 推進癌癥免疫治療研究

　　 布魯克利用新軟件Novor v2.0提升timsTOF HT和timsTOF Ultra系統用于從頭測序免疫肽組學分析性能。這款軟件是與Rapid Novor Inc. 合作開發的，通過利用超過140萬張譜圖訓練集，這些譜圖映射到超過15萬條HLA肽段，可以用于研究從臨床活檢獲取的微量樣本。

　　 德國圖賓根大學多肽免疫學教授兼轉化免疫學醫學主任Juliane Walz博士評論道：“我們的研究重點是免疫學領域，以及針對腫瘤和傳染病的新型多肽免疫療法的開發。布魯克將捕集離子淌度（TIMS）與飛行時間（TOF）質譜相結合，使其能夠快速靈敏地檢測HLA肽段。基于此項技術，我們已經將良性參考免疫肽數據庫擴展到超過15萬條HLA多肽。這使得我們能夠高置信度地鑒定腫瘤相關抗原，以加快免疫療法的發展。”

B.使用TwinScape實現timsTOF最佳性能

　　 TwinScape是一種新型數字化性能監測和質量控制引擎，能夠利用iRT標準多肽來確保樣品制備和LC-MS的使用過程中的最佳性能。在后基因組時代的協同多組學研究中，覆蓋深度、穩健性和可擴展定量的結合尤為重要。而TwinScape使更大規模的對照研究和有效的跨實驗室可比性成為了可能。

　　 西奈健康研究中心副負責人、盧南菲爾德-塔南鮑姆研究所所長、加拿大多倫多大學分子遺傳學教授Anne-Claude Gingras表示：“我們蛋白質組學儀器平臺會支持各種不同項目，確保儀器擁有最佳性能并且始終了解其動態將顯得至關重要。布魯克ProteoScape、TwinScape和Biognosys iRT試劑盒的組合已成為我們監測儀器不可或缺的一部分，它們確保我們的一切工作按照最高標準運行。特別是TwinScape，它非常適合對質量控制和系統性能進行長時間觀察，對于確定樣品、LC或MS是否存在問題特別有用。”

C.新型glyco-PASEF方法用于超高靈敏度4D糖肽分析

　　 布魯克展示了與烏得勒支大學Heck團隊合作開發的具有選定目標離子區域功能的新型timsTOF glyco-PASEF方法。同時，還推出了與拉德堡德大學的Van Gool團隊合作開發的GlycoScape軟件，以及密歇根大學Nesvizhskii 團隊開發的MSFragger-Glyco軟件。

　　 烏得勒支大學化學和藥物科學教授、荷蘭蛋白質組學中心科學主任Albert Heck博士指出：“我們很高興能夠利用timsTOF平臺的獨特優勢在糖蛋白組學領域取得了開創性成果，現在我們已經將這一技術轉化為glyco-PASEF方法進行糖生物學研究。”

　　 目前，布魯克提供用于早期測試的GlycoScape? 實時糖蛋白組學軟件，該軟件由拉德堡德大學的 Alain van Gool 團隊開發。

　　 此外，布魯克還宣布 MSFragger-Glyco軟件現已支持 timsTOF 數據。密歇根大學計算醫學、生物信息學和病理學教授、MSFragger的創始人 Alexey Nesvizhskii博士表示：“我的團隊對 MSFragger 在超快搜索（包括翻譯后修飾肽的鑒定）方面的受歡迎程度感到滿意。我們的軟件完全支持PASEF數據解析，我們也很高興布魯克會隨著timsTOF儀器提供這個軟件。這一認可證明了我們的工具對timsTOF生成的蛋白質組學數據具有廣泛適用性。”

D. dia-PASEF^? 軟件升級

　　 Bruker ProteoScape的最新版本引入了Spectronaut 18 模塊，基于GPU分析獲取實時檢索結果，其中包括無需數據庫搜索的directDIA。此外，Bruker ProteoScape現在還將TIMS DIA-NN軟件升級到3.0版，提高了定量分析的準確性。

About Bruker Corporation – the Emerging Leader of the Post-Genomic Era

　　布魯克（納斯達克股票代碼：BRKR）致力于賦能科學家實現突破性的后基因組發現并開發新的應用以提高人類生活質量。布魯克的高性能科研儀器和高價值分析與診斷解決方案使科學家能夠在分子、細胞乃至微觀層面探索生命和材料的奧秘。憑借與客戶的緊密合作，布魯克推動著后基因組生命科學領域分子與細胞生物學研究、應用與制藥、顯微鏡與納米分析技術以及工業應用領域的創新與生產效率提高，并創造了諸多客戶成功案例。布魯克提供了一系列差異化且極具價值的生命科學與診斷系統及解決方案，廣泛覆蓋臨床影像學、臨床表型組學研究、蛋白質組學與多組學分析、空間與單細胞生物學、功能結構生物學與凝聚態生物學以及臨床微生物學和分子診斷等多個領域。欲獲取更多信息，請訪問布魯克官方網站：www.bruker.com。