PCR反應的特點是具有較大擴增能力與極高的靈敏性，但令人頭痛的問題是易污染，極其微量的污染即可造成假陽性的產生。
一、標本交叉污染源：
收集標本的容器：標本放置時，由于密封不嚴溢于容器外，或容器外粘有標本而造成相互間交叉污染；
吸樣槍：標本核酸模板在提取過程中，由于污染導致標本間污染；
氣溶膠：zui可能造成PCR產物污染的形式。在空氣與液體面摩擦時就可形成氣溶膠，在操作時比較劇烈地搖動反應管，開蓋時、吸樣時及污染進樣槍的反復吸樣都可形成氣溶膠而污染。據計算一個氣溶膠顆粒可含48000拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題。
二、PCR試劑污染源：
由于在PCR試劑配制過程中，由加樣槍、容器、雙蒸水及其它溶液等污染而導致的PCR試劑污染。
三、PCR擴增產物污染源：
PCR反應中zui主要zui常見的污染源。由于PCR產物拷貝量大，遠遠高于PCR檢測數個拷貝的極限，所以極微量的PCR產物污染，就可造成假陽性。
四、克隆質粒污染源：
克隆質粒在單位容積內含量相當高，活細胞內的質粒，由于活細胞的生長繁殖的簡便性及具有很強的生命力。故在分子生物學實驗室及某些用克隆質粒做陽性對照的檢驗室污克隆質粒污染能性也很大。
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