首先，不要將滅菌鍋安裝在有易燃氣體或易燃液體的地方，確認電源所供電壓與儀器所示電壓相同，滅菌器必須接地良好。
每次使用滅菌器前，必須檢查滅菌鍋內的水量，確保有足夠的水，而且水位高于電熱管。
對于不同類型、不同滅菌要求的物品，不要放在一起滅菌，以免顧此失彼，造成損失。對液體滅菌時，應將液體灌裝在耐熱的玻璃瓶中，以不超過3/4體積為好。要用玻璃紙和紗布包扎瓶口，如用橡皮塞的，應插入針頭排汽，橡膠和軟木塞都要打孔。
擺放滅菌物品時，各種包裹不應過大、不宜過緊，以免妨礙蒸汽透入，影響滅菌效果。嚴禁堵塞安全閥的出氣孔，必須留出空位保證其暢通放氣，否則安全閥因出氣孔堵塞不能工作，會造成事故。
易燃和易爆品如苯類等，禁用高壓蒸汽滅菌法。銳利器械如刀、剪也不宜用此法滅菌，以免變鈍。
己滅菌的物品應做記號，便于記錄查詢，并需與未滅菌的物品分開放置，以免弄錯。
滅菌器的安全閥應定期檢查。每次滅菌前，應檢查安全閥的性能是否良好，以防鍋內壓力過高，發生爆炸。工作壓力超過0.165 MPa時需要更換合格的安全閥。