周圍血白細胞計數可為正常減少或增多，分類正常或輕度核左移。
腦脊液檢查有重要參考意義，細胞數一般為（100~300）×106/L，都不超過500×106/L。B5病毒引起的病例細胞數常較多。部分病例可<10×106L。早期中性粒細胞占多數，可達80%以上，48h后單核細胞居多，可達90%。腦脊液蛋白輕度增加或正常，糖和氯化物正常。腦脊液改變通常持續7~10天，一般不超過14天。從腦脊液咽含漱液和糞便中皆可分離出病毒柯薩奇病毒，在病程第1周從腦脊液中分離的陽性率甚高，在第1周過后則陽性率明顯下降。有時在病程早期也可從血液中分離出病毒。
因健康人群的腸道內常有此類病毒，如僅在患者的糞便或肛拭中分離出柯薩奇病毒時，不能憑此而即下結論。宜以下列幾點為確診依據：
①從患者的各種體液或分泌物如腦脊液、血液、皰漿液、胸腔積液等，或尸檢臟器如心、腦、肝、脾等中分離出病毒；
②用雙份血清作中和試驗(或其他血清學檢查)抗體效價上升4倍以上；
③在患者中的病毒分離率遠高于未接觸患者的正常對照組；
④無其他已知病原體能引起此類綜合征，而從患者的咽洗液、咽拭、糞便肛拭等之中卻能重復分離到同一病毒并從周圍接觸者中也檢出相同的病毒。