如何快速查找LncRNA序列？

查找LncRNA序列的網站有很多，包括Genebank，Ensembl，RefSeq，UCSC數據庫等。今天，小編就給大家講講如何通過LncRNA ID號查找LncRNA的序列。

一．根據LncRNA來源數據庫，進入相應鏈接。

1.  Genebank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2. Ensembl：http://asia.ensembl.org/index.html

3. RefSeq：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

4. UCSC：http://genome.ucsc.edu/

二．根據“gene_id”查看LncRNA在所屬數據庫的ID號。 
1. Genbank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

紅框內輸入gene_id號，點擊search。假設gene_id為AK009210。

點擊FASTA鍵，復制獲取序列。

 
2. Ensmbl：http://asia.ensembl.org/index.html

選擇物種類別，詳見Report-Sequence_Results-Supplementary（可選項）。紅框內輸入gene_id號，點擊GO。假設gene_id為ENSMUSG00000099021。

 


轉到Genbank，復制獲取序列。

3. RefSeq：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

紅框內輸入gene_id號，點擊search。假設gene_id為C630043F03Rik。

 
點擊FASTA，獲取序列信息。
 
 4. UCSC：http://genome.ucsc.edu/

Genomes下拉菜單選擇參考基因組，一般人類選擇hg19，鼠選擇mm10。

紅框內輸入gene_id號，點擊search。假設gene_id為Ivns1abp，點擊go。

點擊下圖的紅框。

點擊下圖的紅框。

選擇mRNA，復制獲取序列信息。