大核酶催化的反應有剪切反應、剪接反應和轉肽反應。其中最典型的代表是存在于所有細胞中的核糖核酸酶P。與其他核酶不同的是，核糖核酸酶P使用水分子作為親核基團，并且，核糖核酸酶P既含有RNA，又含有蛋白質。
核糖核酸P的催化機制是依賴于2個Mg2+的雙金屬催化，1個Mg2+激活充當親核試劑的羥基，使這個羥基進行親核取代，形成一個新的鍵，取代在3′-切開的磷酸基團上的氧。另1個Mg2+與水分子結合，促使質子轉移給在3′-切開的磷酸基團上的氧，從而促進產物的釋放。
