酶工程作為生物工程4個組成部分之一，已廣泛應用于工業生產中的食品、醫藥、紡織等部門，但天然酶穩定性低，對高溫、有機溶劑極其敏感，易失活，不能重復使用，反應后混入產品，使產品難以純化。而通過物理或化學的方法，將酶固定于載體上，所得的酶不僅保留了酶原有的高活性、高選擇性，并且克服了天然酶的缺點，還便于反應的連續化和自動化。因此，固定化酶已經成為近代酶工程領域中主要的研究內容之一。固定化酶較高的穩定性，使其在工業生產中有廣闊的前景。
食品工業
罐裝液態茶飲料自20世紀80年代開發成功以來已迅速發展成為當今國際飲料市場的主流產品之一。增香和除混是制約茶飲料發展的2個重要因素。將單寧酶和β-葡萄糖甘酶進行共固定化，并以綠茶、紅茶、烏龍茶為例研究了共固定化酶的性質，結果表明：經共固定化酶處理后，綠茶、紅茶、烏龍3類茶的香精油總量均有所增加；3類茶的非酯型兒茶素含量增加，而酯型兒茶素的含量下降。
燃料工業(生物柴油)
生物柴油主要是以植物油和動物油為原料而制成的，其主要優點是：生物可降解性、可再生資源、無毒、廢氣排放量小，是環境的友好燃料，可作為石油的替代品。目前生產生物柴油主要采用化學法。此方法工藝復雜、能耗高、產品易變質、生產過程有污染，因此，已經有學者研究利用生物酶法，即動植物油脂和低碳醇通過脂肪酶進行酯化反應，制備相應的脂肪酸酯。脂肪酶廣泛地應用于生物柴油工業。等研究了利用多孔滲水物質為載體固定脂肪酶，使其可在低水環境中合成生物柴油。
醫藥工業
現代制藥也大多采用化學方法，但化學法工藝復雜，原料浪費嚴重且易產生污染，因此人們漸漸轉向生物酶法制藥的研究，獲得了很多可喜的成果。頭孢菌素正漸漸代替青霉素成為臨床應用上主要的抗生素。梅建鳳等利用固定化青霉素酰化酶催化合成頭孢羥氨芐，并選擇了較好的合成工藝，使此反應的轉化率可達到80.3%