優點：固定化酶可重復使用，使酶的使用效率提高、使用成本降低。
固定化酶極易與反應體系分離，簡化了提純工藝，而且產品收率高、質量好。
在多數情況下，酶經固定化后穩定性得到提高。
固定化酶的催化反應過程更易控制。
固定化酶具有一定的機械強度，可以用攪拌或裝柱的方式作用于底物溶液，便于酶催化反應的連續化和自動化操作。
固定化酶與游離酶相比更適于多酶體系的使用，不僅可利用多酶體系中的協同效應使酶催化反應速率大大提高，而且還可以控制反應按一定順序進行。
缺點：固定化可能造成酶的部分失活，酶活力有損失。
酶催化微環境的改變可能導致其反應動力學發生變化。
固定化酶的使用成本增加，使工廠的初始投資增大、
固定化酶一般只適用于水溶性的小分子底物，對于大分子底物不適宜。
與完整菌體細胞相比，固定化酶不適宜于多酶反應，特別是需要輔助因子參加的反應。
胞內酶進行固定化時必須經過酶的分離純化操作。
固定化細胞和固定化酶比較,2個的優缺點
固定化細胞：
優點： 固定化細胞內酶的活性基本沒有損失。
缺點： 固定化細胞只能用于生產細胞外酶。
固定化酶：
優點：容易與水溶性反應物和產物分離。
缺點： 一種酶只催化一種化學反應,而產物形成是通過一系列酶促反應得到的.