生物工程主要包括基因工程、細胞工程、酶工程、蛋白質工程和發酵工程等5個部分；
基因工程和細胞工程的研究結果，大多需要通過發酵工程和酶工程來實現產業化。基因工程、細胞工程和發酵工程中所需要的酶，往往是通過酶工程來獲得；酶工程中酶的生產，一般要通過微生物發酵的方法來進行。由此可見，生物工程各個分支之間存在著交叉滲透的現象。
生物工程 | 主要操作對象 | 工程目的 | 與其它工程的關系 |
基因工程 | 基因及動物細胞、植物細胞、微生物 | 改造物種 | 通過細胞工程、發酵工程使目的基因得以表達 |
細胞工程 | 動物細胞、植物細胞、微生物細胞 | 改造物種 | 可以為發酵工程提供菌種、使基因工程得以實現 |
發酵工程 | 微生物 | 獲得菌體及各種代謝產物 | 為酶工程提供酶的來源 |
酶工程 | 微生物 | 獲得酶制劑或固定化酶 | 為其它生物工程提供酶制劑 |