促使植物生根
Ri質粒能誘導轉化植物產生大量毛根，促進植物生根，已引起了人們的高度重視，被人們廣泛使用。1985年它被應用于蘋果與扁桃的插條以改善生根狀況，從而有益于對干旱的抵抗。Hatta等發現發根農桿菌能誘導棗樹的插條生根，Caboni等用野生發根農桿菌1855感染胡桃的微小切口，誘導出發根；Rinallo等發現發根農桿菌的T-DNA能促進榆樹生根。Ri質粒的這一特性對于難生根植物生根、存活具有重要意義。
用于生產外源基因產物
另外，還可以用Ri質粒作為載體通過發根農桿菌向植物基因插入外源基因生產外源基因產品，Stougaaard等用含大豆血紅蛋白基因的農桿堿型質粒pRi15834(中間載體)誘發牛角花產生毛根，并由毛根獲得基因表達的再生植株。發根培養技術的發展歷史雖然較短，但Ri質粒作為植物基因工程載體已顯示出其可行性與方便性，隨著研究的深入，它將會成為比Ti質粒更理想的基因轉移系統，更多的次生代謝物將會通過發根培養系統來生產，并被用于難以插活植物的生根和生產外源基因產品。