代謝途徑的中間體僅存在于細胞內，正常排泄的量很少。他們的分子大小，溶解度和其他的性質相互間差異很大。ALA，PBG和卟啉原是無色和無熒光的。原卟啉，最后的中間體，唯一被氧化的卟啉。氧化的卟啉受到長波紫外線照射時呈紅色熒光。漏到細胞外液的卟啉原自動氧化為卟啉而排泄。然而，一定量的未氧化的糞卟啉原可能排泄在尿中。ALA，PBG，尿卟啉，7羧基，6羧基和5羧基的卟啉是水溶性的，大部分排泄在尿中。糞卟啉(一個4羧基卟啉)是排泄在尿和膽汁中。硬卟啉(一種3羧基卟啉)和原卟啉(一種2羧基卟啉)很難溶解于水中，而不能由腎臟排泄。它們出現在血漿中，被肝臟攝取，然后排泄在膽汁和糞中，它們也可積聚在骨髓。
血紅素合成最多在骨髓，在那里血紅素和有氧轉輸功能的血紅蛋白結合，而在肝臟，則多數和細胞色素結合，它是電子轉輸蛋白。在肝臟大多數細胞色素是細胞色素P-450酶，它代謝藥物和許多其他外源的和內源的化學品。血紅素生物合成在肝臟和骨髓的調控機制是不同的。在肝臟血紅素合成是限速的，它受到第一個酶，ALA合成速度的控制酶1)。正常肝細胞中酶活性十分緩慢，在肝臟為應答各種化學療法而需要制造更多的血紅素時，酶的濃度顯著地上升。酶的合成也受細胞內血紅素量的反饋控制，當游離的血紅素濃度高時，合成就降低。某些藥物和激素誘導肝細胞制造更多的ALA合成酶，血紅素及細胞色素P-450。
在骨髓，血紅素由成紅細胞和仍保留有線粒體的網織紅細胞制造，然而循環中的紅細胞沒有線粒體則不能形成血紅素。紅細胞系內血色素合成至少部分受到細胞攝取鐵過程的調節。骨髓細胞表達某些途徑中酶的紅細胞系的特異形式。紅細胞系的特異ALA合成酶受到在mRNA中的鐵應答元素的調節，它也部分受到為形成血紅蛋白而合成血紅素的組織特異調節。