從內含肽的內部有無自導引歸巢核酸內切酶結構域，可將內含肽分為2種類型。一種是全功能型內含肽(maxi—intein)，具有蛋白剪接活性和自導引核酸內切酶序列(homingendonuclease)；另一種是微型內含肽(mini—intein)，只有蛋白剪接活性。其中自導引歸巢核酸內切酶結構域的缺失在SceVMAI內含肽、SspDnaB內含肽及MtuRecA內含肽中不影響蛋白剪接的活性，在PspPol—I內含肽中則可導致剪接活性的缺失。在天然狀態下MxeGyrA中則直接形成微型內含肽，并不影響剪接活性
根據其的存在形式，分為整體內含肽和分離內含肽。前者的兩個剪接區域共同存在于同一多肽片段上，后者的兩個剪接區域分裂成兩份或者更多片段，存在于不同的多肽片段上，所以成為分離內含肽。整體內含肽進行順式剪接作用，分離內含肽進行反式剪接作用。內含肽具有蛋白質和核酸兩種水平上的含義，指插入宿主蛋白質中的多肽序列和對應的核苷酸序列。反式剪接的是一種特殊的剪接通常發生在微小內含肽之間按。這個微小內含肽的N端和C端剪接結構域的基因被750kb的基因組序列分開，且分別位于相反的DNA鏈上。