鼠李糖脂可用于處理多環芳烴PAHs（如：應用于墨西哥灣漏油事故中釋放出來的多環芳香族碳氫化合物），用于處理水體中難生物降解COD，處理重金屬污染等。
鼠李糖脂可以修復人類所造成的環境污染，包括土壤、水、海岸線及海底中的油、金屬或其他污染物。鼠李糖脂具有一定的金屬螯合能力（“Stability Constants for the Complexation of Various Metals with a Rhamnolipid Biosurfactant”，J. ENVIRON. QUAL., VOL. 30, MARCH–APRIL 2001），它作為螯合劑可以替代EDTA，用來清除土壤、污水及其他液體的重金屬污染物。還可用作采用植物方法吸收土壤重金屬離子的方式處理土壤，是植物技術原位處理被重金屬污染土壤的良好方法。
針對殺蟲劑或劇毒農藥造成的土壤或水污染，鼠李糖脂和其生產菌銅綠假單胞菌有修復的功效，根據資料（“EFFECT OF RHAMNOLIPID POTENTIAL ON BIODEGRADATION OF ENDOSULFAN BY Pseudomonas aeruginosa IN BATCH STUDIES.” Arunkumar Mani ,J Biosci Tech, Vol 2 (3),2011,268-278）顯示，鼠李糖脂能夠促進銅綠假單包桿菌降解硫丹，從而修復劇毒污染的土壤或水體。
鼠李糖脂作為生物表面活性劑具有無毒、兩親等性質，并隨濃度升高至臨界濃度時會對多環芳烴產生明顯的增容作用。可以洗脫多氯聯苯，并改變多氯聯苯的HLB，使其容易被假單胞桿菌吸收降解。