1、抗生素篩選法：菌株為某種抗生缺陷型，而質粒上帶有該抗性基因（如氨芐青霉素，卡拉霉素等）這樣只有轉化子才能在含該抗生素的培養基上長出。本實驗利用抗生篩選轉化子。
2、互補法：至今使用的許多載體（如PUC系列）有含有一個大腸桿菌DNA的短區段，其中含有β－半乳糖苷酸基因（lacZ）的調控序列和頭146個氨基酸偏碼區。這個偏碼區中插入一個多克隆位點。受體菌則含編碼β－半乳糖苷酶C端aa的序列。當外源基因插入時，二者溶為一體后，有β－半乳糖苷酶表達，在生色底物5－溴－4－氯－3－吲哚－β－D－半乳糖苷（x-gal）培養基中形成蘭色菌落。而當有外源基因插入到多克隆原點，從而造成插入失活，而使 lacZ基因不表達而形成白色菌斑。 通過顏色不同而區分重組子和非重組子。位于不同載體或染色體上的