本病的診斷主要根據家族史，嬰幼兒期發病患兒哭時無淚，舌蕈狀乳頭缺失自主神經癥狀多變，尿中高香草酸(homovanillicacid，HVA)顯著增加用1∶1000磷酸組胺(histaminephosphate)前臂皮內注射患兒無痛感，局部無紅暈區和偽足用0.0625%毛果蕓香堿(pilocarpine)滴眼，5min滴1次，共滴4次，可見患兒眼瞼下垂
鑒別診斷：
本癥應與下列幾種疾病相鑒別：
1、急性全自主神經病急性起病，臨床表現為視力模糊瞳孔對光及調節反應異常，出汗少無淚液直立性低血壓尿潴留等多數病例在數周或數月后逐漸自發恢復
2、主要特征為流淚、唾液多汗腺及胃液的分泌都缺陷，常伴有角結膜炎、鼻炎、咽炎腮腺水腫，及周圍性的腦神經麻痹等。
3、脊髓梅毒（spinal syphilis）
1)梅毒性脊髓炎（syphilitic myelitis） 是梅毒性神經損害的早期癥狀，常在梅毒感染后3～5年發病。包括脊髓損害、脊髓硬脊膜炎、脊髓脊膜炎、脊髓動脈內膜炎、神經根炎等所致癥狀，表現為根痛、截癱和大、小便功能障礙。反應素絮狀試驗（VDRL）和密螺旋體熒光抗體吸附試驗（FTTA—ABS）陽性。
2)脊髓旁（tabes dorsalis） 常在梅毒感染后10～30年發病。表現為好發于下肢的閃電樣疼痛或感覺過敏，腰部緊束感，深感覺障礙并感覺性共濟失調，括約肌功能障礙，陽萎和內臟危象，眼部癥狀包括阿—羅瞳孔、復視，第ⅢⅣ對顱神經麻痹，營養性潰瘍。免疫定位試驗（TRI）和VDRL、FTA—ABS陽性。
4、脊髓蛛網膜炎（spinal arachnoiditis） 系繼發于某種致病因素的反應性炎癥。局限型者常在急性感染、發熱后隨即出現根疼及較明顯而固定的感覺障礙，有時運動障礙。其中囊腫型與脊髓腫瘤很相似，而單純局部粘連型呈節段性感覺障礙，括約肌功能障礙不明顯，如炎癥僅侵及幾個脊神經根，則表現根痛，或相應節段的肌肉萎縮或無力。脊髓造影有診斷價值。