由于病原菌毒力和侵襲力、角膜的健康狀況不同,藥物治療后臨床表現的不典型性,都可使診斷變得困難,需要仔細分析判斷。藥物治療前,從侵潤灶刮取壞死組織,涂片染色找到細菌,結合臨床大體能作出初步診斷。正確的病原學診斷需要作細菌培養,同時進行藥物敏感試驗。