氟康唑片的血漿消除半衰期長，因而治療陰道念珠菌病時僅需單劑量一次給藥，治療其他真菌感染時，每日亦只需給藥1次，而給藥時間應持續至臨床癥狀和體征消失或實驗室檢查提示真菌感染已消失。用藥時間不足可能導致感染的復發。艾滋病、隱球菌性腦膜炎或復發性口咽部念珠菌病患者通常需要維持治療以預防復發。
成人：
1、隱球菌性腦膜炎及其他部位隱球菌感染，常用劑量為第一日0.4g（8片），以后一日0.2～0.4g（4片-8片）。療程視服藥后臨床及真菌學反應而定，但對隱球菌性腦膜炎而言，治療期一般為腦脊液菌檢轉陰后，再持續6～8周。
為防止艾滋病患者的隱球菌腦膜炎復發，在患者完成一個療程的基本治療后，可繼續給予氟康唑作維持治療，日劑量為0.2g（4片），持續10～12周。
2、念珠菌敗血癥、播散性念珠菌病及其他侵入性念珠菌感染：常用劑量為第一日0.4g（8片），以后一日0.2g（4片）。根據臨床反應，可將日劑量增至0.4g（8片）。療程亦視臨床反應而定。
3、口咽部念珠菌病：常用劑量為一次50mg（1片），一日1次，連續7～14天。免疫功能嚴重受損者，可根據需要延長療程。對于牙托有關的萎縮性口腔念珠菌病，常用劑量為一次50mg（1片），一日1次，連續14天，同量在牙托部位給予局部抗感染治療。其他粘膜念珠菌感染，如食道炎、非侵入性支氣管感染、肺部感染、念珠菌尿癥、慢性粘膜及皮膚念珠菌病等，常用劑量為一次50mg（1片），一日1次，連續14～30天。
4、陰道念珠菌病：0.15g（3片）一次單劑量口服。
5、為預防惡性腫瘤患者發生真菌感染，在病人接受化療或放療時，可每日一次口服50mg（1片）。
6、皮膚真菌病：對手癬、足癬、體癬、股癬、頭癬和皮膚念珠菌感染，推薦劑量為一次0.15g（3片），一周一次或一次50mg（1片），一日一次，療程一般為2～4周；但足癬的療程可延長至6周；對花斑癬，推薦劑量為一次50mg（1片），一日1次，療程為2～4周；頭癬療程為6～8周。
7、指趾甲癬：一次0.15g（3片），一周一次，療程2～4個月，視病情可適當延長療程。
8、著色真菌病：一日0.4g～0.6g（8片 -12片），療程4～6個月，視病情可適當延長療程。有研究資料報告，一日最高劑量，可增至0.8g（16片）。