競爭作用
枯草芽孢桿菌的競爭作用主要包括營養競爭和空間位點競爭兩個方面。枯草芽孢桿菌在空間位點競爭上占更多優勢，即在動物組織表面或植物體內及植物生長的土壤中快速、大量繁衍和定植，有效地阻止病原微生物的繁殖，干擾植物病原微生物對植物侵染，破壞病原微生物在植物上的定殖，從而達到抑菌控病效果。
溶菌作用
枯草芽孢桿菌可以吸附在病原真菌的菌絲上，伴隨菌絲共同生長，生長過程中會產生溶菌物質，從而消解菌絲體。一般會致使菌絲斷裂、解體或細胞質消解；或者是次生代謝產物會溶解病原菌孢子的細胞壁，導致細胞壁穿孔、產生畸形等。
產生抗菌物質
產生能夠抑制細菌、病毒、真菌和病原體的生長的抗生素類物質，這些抗菌物質以磷脂類、氨基糖類、肽類和脂肽類等抗生素為主。其中，脂肽類抗生素是枯草芽孢桿菌最重要的抗菌物質。
生物奪氧
枯草芽孢桿菌為革蘭氏陽性需氧菌，其能夠迅速消耗動物體腸道內的游離氧，從而有效提高營養物質的利用效率。枯草芽孢桿菌還能夠分泌淀粉酶、脂肪酶、蛋白酶、和纖維素酶等多種內源酶，為動物提供大量的內源酶，在一定程度上能彌補動物體內內源酶的不足。