本病易發生于溫、熱季節，在亞熱帶和熱帶全年都可發病，傳播地區極廣。病毒的攜帶者及患者均為傳染源。病毒主要從糞便排出，也可從咽喉部排出。患者腦脊液、血液、胸腔積液、骨髓、唾液、尿中均可分離出病毒。主要通過腸道傳播，也可從污染的手、食品、衣服、用具等傳播。在嬰兒室內的柯薩奇病毒感染患兒、醫護人員以及哺乳的產婦均可成為本病散發或流行的傳染源。
20世紀70年代初已報道病毒可經胎盤傳播，而且認為與先天性心血管畸形有關。Brown和Karunas等對630名各類畸形嬰兒母親用中和試驗檢測針對CVB1～CVB5的抗體，結果發現母親于妊娠早期受CVB3和CVB4感染者，嬰兒患先心病的機會較對照組多。根據流行病學調查的結果推算，孕婦患CVB3感染者，嬰兒心血管畸形的幾率約為0.9%。Dolldorf證明：母體病毒血癥較易經胎盤傳染給胎兒。新生兒感染多為無癥狀的亞臨床型，從患兒的胎盤中分離出病毒，證實了宮內感染的存在。