新生兒出生前出生時及出生后的各種致病因素，均可引起急性腎功能衰竭。按腎損傷性質及部位不同，可將病因分成腎前性、腎性和腎后性三大類。
1.腎前性
新生兒期凡能使心搏出量減少或血容量不足的臨床因素，均可能引起腎血流灌注低下，導致腎前性ARF。
新生兒腎血流灌注不足，最常發生在生后48小時以內的多種病理狀態，如窒息缺氧、呼吸窘迫綜合征、心力衰竭、低血壓、嚴重脫水、大量出血、敗血癥、低體溫等。正壓通氣壓力過高可影響血液回流，使心搏出量減少，應用大劑量血管擴張藥致血壓降低，或大劑量血管收縮藥（如去甲基腎上腺素）可致腎血管痙攣，發生腎血流灌注不足而出現腎前性ARF。
2.腎性
由腎實質損害引起，又稱為真性腎功能衰竭。主要病因如下：
（1）腎缺氧 窒息缺氧嚴重或持續時間延長可致不同程度的腎臟損害，主要見于圍生期缺氧。此外新生兒凍傷及嚴重感染等也是新生兒腎實質損傷的重要病因，主要見于伴有低體溫硬腫面積>50%、低氧血癥和酸中毒患兒。
（2）腎缺血 大量失血腎動脈（或腎小動脈）血栓形成、栓塞及狹窄，腎皮質或髓質壞死，腎梗死腎靜脈栓塞（嚴重脫水、彌散性血管內凝血、循環不良、糖尿病母親的嬰兒）等腎血管病變，均可使腎血流量減少，腎小管供血不足。
（3）腎中毒 包括致腎毒性抗生素如氨基糖苷類抗生素、多黏菌素、二性霉素等；易致腎損害藥物如吲哚美辛、妥拉唑林等；各種致腎毒害產物如血紅蛋白尿、肌球蛋白尿、過氧化物尿癥、尿酸性腎病等。
（4）其他腎疾病 先天性腎發育異常如雙腎不發育、腎囊性病變、先天梅毒病、弓形蟲病、先天性腎病綜合征及腎盂腎炎等。
3.腎后性
主要為尿路梗阻引起的ARF，見于各種先天泌尿道畸形，如后尿道瓣膜、尿道憩室、包皮閉鎖、尿道狹窄、輸尿管疝等。也見于腎外腫瘤壓迫尿道或醫源性手術插管損傷致尿道狹窄。