1、病灶清除術為治療慢性骨髓炎的基本方法。
（1）切口長度應以能完全顯露死骨及感染骨為度。注意切勿損傷主要神經及血管。
（2）骨膜切開及剝離范圍應按病骨及死骨大小和多少而定，不可剝離過多。
（3）徹底切除壞死組織、肉芽組織、竇道及瘢痕組織，摘除所有死骨，引流不暢的死腔應予打開，但不可過多切除正常骨質。
（4）如手術未遺留較大或較深的死腔，軟組織條件好，可行一期縫合，并在髓腔內上下各放一根有側孔的塑料管，分別作為沖洗和負壓吸引用，術后用生理鹽水或抗生素溶液沖洗7～10d，先后拔除沖洗管和引流管。如清除后有較大或較深的死腔遺留或軟組織無法修補者，尚應同時進行消滅死腔或修復創面的手術，才能收到較好的效果。
2、肌瓣或肌皮瓣填塞術
適用于病灶清除后殘留較大死腔者。應盡量選擇鄰近肌肉，但應避免采用肢體的主要屈伸肌，所用肌瓣不應過長，張力不宜過大。鄰近無肌瓣可取時，可行吻合血管的游離肌瓣或肌皮瓣移植。
3、松質骨填塞術
在徹底清除病灶后，用髂骨片或其他松質骨填充死腔。此法易招致感染而失敗，須慎重采用。一般多使用于局限性骨膿腫病灶清除后，或在病灶清除后局部骨質缺損多不植骨難以支持體重時。
4、含抗生素骨水泥充填術
清除病灶后將含抗生素的骨水泥珠充填，水泥珠可逐個拔出，也可在數月后一并取出后再進行植骨。
5、病骨切除術
身體某些部位（如腓骨中上部、髂骨翼、肋骨、尺骨遠端等）的慢性骨髓炎，可將病變部分完全切除。
6、截肢術
創面經久不愈，肢體產生嚴重畸形、已發生癌變、肢體功能已大部喪失者可考慮作截肢術。