由于MODS及MOF的發病機制十分復雜因而臨床表現多樣，為便于觀察將臨床上的表現一般可以分為下列四期但是臨床的過程也并非能如此清楚地分開。
1.第一期此期患者臨床表現隱匿，外表似乎正常或基礎病未加重，但可有氣急及呼吸性堿中毒，回心血量輕度增加和腎功能有早期改變。一般第一期患者體格檢查時可能正常然而詳細檢查發現，他們的血液需求量稍高腎功能可能異常，所有其他器官的功能也可能異常一般出現在休克與創傷后經過復蘇呼吸在25～30次/min以上出現氧缺乏這是肺功能不全的早期表現開始時X片上很少觀察到有異常變化，無濕啰音可有粗糙鼾音因缺氧而代償性過度通氣產生呼吸性堿中毒PaCO2下降。
2.第二期患者經過早期復蘇之后，循環穩定腎功能正常，術后12h或更長一些時間，患者進入第二期后出現病態輕度病容或基礎病加重血流動力學可為高排低阻型，呼吸急促，缺氧明顯有呼吸性堿中毒氮質血癥，可出現黃疸和血小板數下降。臨床上詳細觀察各種器官系統表明每一系統都有輕度的功能異常，這些異常可較容易檢出。出現呼吸窘迫，頻率加快PaO2明顯降低，肺底部出現濕啰音X片顯示肺紋理加重。此時雖提高氧的吸入PaO2仍不能提高到相應的水平。
3.第三期進入第三期后，任何人都可發現患者患病。遺憾的是，上述許多患者的治療均在此階段開始每個器官系統都有明顯的臨床異常表現，有明顯的MOF表現，病情危重休克、心排血量減少水腫、嚴重缺氧和氮質血癥，出現代謝性酸中毒和高血糖血液系統出現凝血異常呼吸進行性困難，出現青紫兩肺啰音增多胸片出現兩肺彌散性團塊陰影到肺實變，雖然給以高濃度O2吸人，但是因肺內分流增加而PaO2仍不能升高PaCO2開始上升此階段患者必須用機械通氣。
4.第四期第四期患者已處于瀕死狀態，心臟負荷增加，呼吸不規則甚至暫停少尿重度酸中毒，氧耗增加可出現肝性腦病和昏迷此期多伴有多器官之衰竭，循環系統衰竭心律失常最終死于一個或多個維持生命器官系統的衰竭。