1、血液檢查：貧血常見，多為大細胞性貧血，也有正常細胞或混淆性貧血，血漿白蛋白減低，低鉀、鈉、鈣、磷、鎂、低膽固醇，堿性磷酸酶增高，凝血酶原時間延長。嚴重者血清、葉酸、胡蘿卜素和維生素B12水平亦降低。
2、糞脂定量試驗：絕大多數患者都存在脂肪瀉。糞脂定量試驗是唯一證實脂肪瀉存在的方法。一般采用Van de Kamer測定法，收集高脂飲食患者（每日攝入脂類100g以上）的24h糞便進行定量分析，24h分脂肪量小于6g或吸收率大于90%為正常，但糞脂定量試驗陽性只能提示有吸收不良綜合癥存在而不能說明其病理生理及作出有針對性的診斷。
3、血清胡蘿卜素濃度測定：正常值大于100U/dI，在小腸疾患引起的吸收不良時低于正常，胰源性消化不良時正常或輕度減低。
4、小腸吸收功能試驗
（1）右旋木糖吸收試驗：正常人空腹口服D—木糖25g后5h尿液中D—木糖排出量≥5g，近端小腸黏膜受孫或小腸細菌過度生長者可見尿D—木糖排泄減少，排出量3—4.5g，委員可疑不正常；<3g者可確定為小腸吸收不良。老年患者腎功能不全時尿中排出d—木糖減少，但血中濃度正常，口服2h可確定為小腸血濃度正常值>20mg/dI。 （2）維生素B12吸收試驗：先肌注維生素B12 1mg，然后口服57Co或58Co標記的維生素B122μg收集24h尿，測尿放射性含量，正常人24h尿內排出放射性維生素B12>7%。腸內細菌過度繁殖，回腸吸收不良或切除后，尿內排出量減低。
（3）呼氣試驗：正常人口服14C甘氨膽酸10mCi，4h內糞14CO2的排出量小于總量的1%，24h排出量小于8%，小腸細菌過度繁殖，回小切除或功能失調時，糞內14CO2和肺呼出14CO2 和肺呼出14CO2明顯增多，可達正常10倍以上，乳糖—H2呼吸試驗可檢測乳糖酶缺乏。 （4）促胰液素試驗：用以檢測胰腺外分泌功能，由胰腺功能不全引起的吸收不良本試驗均顯示異常。
（5）胃腸X線檢查：小腸可有功能性改變，空腸中段及遠端腸管擴張，鋇劑通過不吝，黏膜皺裂粗大，腸壁平滑呈“蠟管”征，鋇劑分段或結塊（印痕征）。X線檢查還可排除腸結核克羅恩病等器質性疾病。
（6）小腸鏡檢查：在內鏡下正常小腸黏膜與十二指腸黏膜相似，上段空腸黏膜為環形皺流，向下至回腸末端皺裂減少。吸收不良患者小腸黏膜可無特異性改變，部分可有黏膜才百、污濁、環形皺裂低平、數目減少。組織學改變可見絨毛萎縮、增寬，不同程度的絨毛融合、扭曲甚至消失，隱窩加深，布氏腺增生，固有層內有大量淋巴細胞、漿細胞浸潤，上皮細胞由高住裝有方面混亂，長短不一，微絨毛向呈量筒狀或燒壞寬距，微絨毛融合或多根黏粘連呈“花束狀”微絨毛部分或整根溶解。
5、糞便常規檢查：應注意性狀、紅白細胞及未消化食物，蘇丹Ⅲ染色檢查脂肪球，大便脂肪定量測定，糞便需氧菌及厭氧菌培養；血常規檢查有貧血者應作骨髓穿刺，確定貧血性質及程度；測定肝功能、血清白蛋白、免疫球蛋白、蛋白電泳；必要時作D-木糖試驗、脂肪千衡試驗和14C-甘氨膽酸-呼吸試驗。
6、小腸鋇劑檢查： 注意病變部位及范圍，有無粘膜皺襞增粗增寬，鋇劑呈節段狀、絮狀或雪花狀分布，鋇劑排空時間延長。
7、纖維小腸鏡檢查：必要時可作，并進行腸粘膜活檢，或用盲目小腸活檢器取小腸粘膜作組織病理學檢查和需氧菌及厭氧菌培養。
8、其他檢查：必要時做葡萄糖耐量試驗、胰腺外分泌功能試驗，B型超聲，腹部平片和CT掃描，以排除胰源性吸收不良；做有關甲狀腺和腎上腺功能檢查，以排除繼發性內分泌疾病所致的吸收不良。