結構基因是編碼蛋白質或RNA的基因。細菌的結構基因一般成簇排列,多個結構基因受單一啟動子共同控制,使整套基因或都表達或者都不表達。結構基因編碼大量功能各異的蛋白質,其中有組成細胞和組織器官基本成分的結構蛋白、有催化活性的酶和各種調節蛋白等。