既往絕大多數文獻報道的是用Southern blot對cccDNA進行定性檢測，該方法是分子生物學的經典方法，但技術要求較高，敏感度低。
近年來，也有較多文獻報道用PCR技術對cccDNA進行檢測。但是，由于PCR技術靈敏度極高，rcDNA和共價閉合環狀DNA（cccDNA）的序列又具有高度的同源性，因此在用PCR技術檢測共價閉合環狀DNA（cccDNA）時，必須確保只能擴增共價閉合環狀DNA（cccDNA）而rcDNA不被擴增。利用rcDNA和cccDNA結構上的差異可以解決這一問題。由于rcDNA的正鏈和負鏈上均存在缺口，故可以設計跨越兩個缺口的引物，使rcDNA不會被擴增，而cccDNA由于是完整的雙鏈結構則可以被選擇性擴增。同時可設計另一對不跨越缺口的引物或只跨越一條鏈的缺口的引物同時檢測cccDNA和rcDNA。Kock等成功地用這種選擇性PCR的方法在檢測感染細胞內的cccDNA和rcDNA。
此外，為進一步提高檢測的靈敏度，可用套式PCR(nested PCR)的方法。
但是有報道認為跨缺口引物對兩種DNA的選擇性不是絕對的，在PCR檢測cccDNA時，起始模板量不能過高，否則rcDNA也有可能被擴增，Kock等發現每個PCR反應管中HBV DNA的量在1pg（約6×105拷貝）時能達到最佳的靈敏度與選擇性，因此在分析前應估計標本中HBVDNA的量。雖然套式PCR更為靈敏，但由于需取PCR產物進行再次擴增，因此在操作中要注意防止PCR產物污染，避免假陽性。