抗原和抗體利用抗原、抗體之間高特異的親和力而進行分離的方法又稱為免疫親和層析。例如將抗原結合于親和層析基質上，就可以從血清中分離其對應的抗體。在蛋白質工程菌發酵液中所需蛋白質的濃度通常較低，用離子交換、凝膠過濾等方法都難于進行分離，而親和層析則是一種非常有效的方法。將所需蛋白質作為抗原，經動物免疫后制備抗體，將抗體與適當基質偶聯形成親和吸附劑，就可以對發酵液中的所需蛋白質進行分離純化。抗原、抗體間親和力一般比較強，其解離常數為108－10?12M，所以洗脫時是比較困難的，通常需要較強烈的洗脫條件。可以采取適當的方法如改變抗原、抗體種類或使用類似物等來降低二者的親和力，以便于洗脫。
另外金黃色葡萄球菌蛋白A（ProteinA）能夠與免疫球蛋白G（IgG）結合，可以用于分離各種IgG。