光學顯微鏡與電子顯微鏡是兩種不同的顯微鏡，二者在定義上，分類上，組成結構上有區別。
1、定義不同
光學顯微鏡（英文Optical Microscope，簡寫OM）是利用光學原理，把人眼所不能分辨的微小物體放大成像，以供人們提取微細結構信息的光學儀器。
電子顯微鏡技術的應用是建立在光學顯微鏡的基礎之上的，光學顯微鏡的分辨率為0.2μm，透射電子顯微鏡的分辨率為0.2nm，也就是說透射電子顯微鏡在光學顯微鏡的基礎上放大了1000倍。
2、分類不同
光學顯微鏡有多種分類方法，按使用目鏡的數目可分為三目，雙目和單目顯微鏡；按圖像是否有立體感可分為立體視覺和非立體視覺顯微鏡；按觀察對像可分為生物和金相顯微鏡等；按光學原理可分為偏光，相襯和微分干涉對比顯微鏡等。
電子顯微鏡按結構和用途可分為透射式電子顯微鏡、掃描式電子顯微鏡、反射式電子顯微鏡和發射式電子顯微鏡等。
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