光呼吸作用可以明顯地減弱光合作用，降低作物產量，曾被認為是無效的耗能過程，因此抑制光呼吸。篩選低光呼吸的高光效育種曾一度成為提高作物產量的研究熱點。但是隨著研究的深入，人們發長時間抑制光呼吸條件下，植物不能正常生長，因此單獨通過抑制光呼吸提高作物產量是不現實的。近年來的研究結果表明，光呼吸是在長期進化過程中，為了適應環境變化，提高抗逆性而形成的一條代謝途徑，具有重要的生理意義。
光呼吸的其中一個作用在于：它可以消耗過剩的[H]（[H]是輔酶II(NADP+）與電子和質子（H+）結合,形成還原型輔酶II（NADPH)，常稱還原氫）和ATP（腺嘌呤核苷三磷酸，這是一種不穩定的高能化合物，由1分子腺嘌呤，1分子核糖和3分子磷酸基團組成。又稱腺苷三磷酸）。當光反應中積累了大量[H]和ATP或但是暗反應的進行弱或進行受到抑制時，通過光呼吸消耗掉那些多余的物質，以防止它們的積累影響植物代謝。