加尾法和莖環法
加尾法，是指把miRNA再人工加一個polyA的尾巴，這樣它的結構就變長，有點象是典型的mRNA結構。很多公司提供有現成的miRNA加尾法逆轉錄試劑盒。按常規方法提取總RNA，用于逆轉錄。做完逆轉錄后，可參考的方法去做PCR。注意，這時的PCR需要的上下游引物，一般是上游引物就直接用miRNA的序列（把U換成T即可），下游引物則要參考逆轉錄試劑盒的加尾，一般由逆轉錄試劑盒的同家公司特殊提供。
莖環法也是一種很常見的方法。它是模擬miRNA在形成過程中的莖環結構（Stem Loop），在逆轉錄過程中把miRNA成熟體序列加長，同時其序列內部互相配對形成莖環結構。