一、轉運RNA的拼接：由酶催化，酶識別共同的二級結構，而不是序列。通常內含子插入到靠近反密碼子處，與反密碼子配對，取代反密碼子環。第一步由內切酶切除插入序列，不需ATP；第二步由RNA連接酶連接，需要ATP。
二、四膜蟲核糖體RNA的拼接：某些四膜蟲26S核糖體RNA基因中有一個內含子，其拼接只需一價和二價陽離子及鳥苷酸或鳥苷存在即可自發進行。其實質是磷酸酯的轉移反應，鳥苷酸起輔助因子的作用，提供游離3’羥基。
三、信使RNA：真核生物編碼蛋白質的核基因的內含子屬于第二類內含子，左端為GT，右端為AG。先在左端切開，產生的5’末端與3’端上游形成5’，2’-磷酸二酯鍵，構成套索結構。然后內含子右端切開，兩個外顯子連接起來。通過不同的拼接方式，可形成不同的信使RNA。