1.HIV感染的輔助診斷
通常檢測血液循環中HIV-1抗體即可對HIV感染與否作出準確診斷。但在特殊情況下，單純檢測抗體不足以完成明確的判斷，如出現某些非典型的抗體反映形式，特別是不確定反應時，HIV-1 RNA的檢測可作為HIV-1感染的確認試驗。
2.HIV感染的早期診斷
在HIV感染的“窗口期”無法使用抗-HIV抗體檢測進行診斷。而在感染早期，在抗原或特異性抗體出現前后通常出現一個病毒載量的高峰，此高峰通常高于發病時的血漿病毒水平。實時熒光PCR法可用來追蹤HIV的自然感染史。可在其他血清學和病毒學標志出現前檢測病毒核酸，判定無癥狀而且血清陰性患者潛在的HIV的傳播性。可用來監測長潛伏期（4～7年）患者，以及在抗病毒治療期間病毒的水平。也可用于HIV-1血清陽性母親的嬰兒的HIV檢測。在嬰兒出生后最初的6～9個月期間，血液中存在母體的抗體。用實時熒光PCR法可判定嬰兒是否真正被HIV感染。
3.HIV-1感染患者抗病毒藥物治療監測
（1）HIV感染發生后，血液循環中病毒復制載量具有一定的變化規律，并且這種變化與疾病的進程有著密切的相關性。因此定期進行病毒載量的檢測有助于確定疾病發展的階段，以確定相應的治療方案。
（2）血液中HIV-1 RNA的定量檢測可以估計患者病程，并可用于雞尾酒抗病毒治療效果的評估。利用病毒載量可在患者急性感染期間，處于“窗口期”時即可檢測出高水平的病毒RNA含量。可利用結果判定患者疾病的進程和進展，以及可在接受抗病毒治療過程中起監測和指導作用。可以在開始治療前對患者進行HIV-1 RNA檢測，治療過程中通過對HIV RNA的一系列檢測指導治療。
4.血液及其制品的安全性檢測
HIV-1 RNA的定性檢測用于獻血員血液和血液制品檢測，可大大縮短檢測的“窗口期”，對提高血液和血液制品的安全性具有重要意義。