固定化酶的缺點：
①許多酶在固定化時，需利用有毒的化學試劑使酶與支持物結合，這些試劑若殘留于食品中對人類健康有很大的影響；
②連續操作時，反應體系中常滋生一些微生物，后者利用食品的養分進行生長代謝，污染食品；
③固定化時，酶活力有損失；
④增加了生產的成本，工廠初始投資大；
⑤只能用于可溶性底物，而且較適用于小分子底物，對大分子底物不適宜；
⑥與完整菌體相比不適宜于多酶反應，特別是需要輔助因子的反應；
⑦胞內酶必須經過酶的分離手續。
